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          微生物教會我們的事:饑餓能促進共生,富足則導致共生解體

          2024-03-29 17:27:11來源:
          導讀[法]馬克-安德烈·瑟羅斯微生物的數量如此巨大,我們卻時常忽略它們。法國國家自然歷史博物館教授馬克·安德烈·瑟羅斯在書中討論了微生物...

          [法]馬克-安德烈·瑟羅斯

          微生物的數量如此巨大,我們卻時常忽略它們。法國國家自然歷史博物館教授馬克·安德烈·瑟羅斯在書中討論了微生物共生,向我們展現(xiàn)了微生物如何在動植物體內生活,幫助它們完成各種時常關乎性命的任務,以及微生物如何影響人類的行為和文化。我們會發(fā)現(xiàn),微生物無處不在,它們不僅僅與疾病或物質腐爛有關,還秘密地參與構造了植物、動物和文明。本文摘自《看不見的陪伴:與微生物共生的奇妙之旅》[法]馬克-安德烈·瑟羅斯,黃行 譯,北京日報出版社·理想國2024年1月版。澎湃新聞經授權刊發(fā)。

          《看不見的陪伴:與微生物共生的奇妙之旅》書封

          深海里也有細菌的扶持

          讓我們前往深海繼續(xù)海洋之旅。這里遠離光線,只有來自海面零星的垃圾。遠離大陸的海面也沒有什么生機……總而言之,這里沒有什么可吃的,因此深海的生物通常也是罕見的,生物量很貧乏。1977年,在加拉帕戈斯群島附近海域,深潛器被派往深海探索洋中脊。這些海底的山脈會在海洋中部通過熔融產生巖石,形成表層的地殼,構成深海。事實上,一次地質探險成了一次意外的生物發(fā)現(xiàn)之旅,接著這一發(fā)現(xiàn)在所有海域的洋中脊重復出現(xiàn),在當時震驚了全世界。

          在無盡的黑暗之中繁衍著異常豐富的生命,生物量充足,每平方米擁有10—100千克不等,而我們原以為它是沙漠,生物量可能為其實際的百分之一……所以,我們稱其為海底生命綠洲。除了魚類、甲殼類和大型貝殼類,巨型管蟲是最有名的生物,它們長而白的管狀軀干固定在海底,上面是鮮紅的鰓羽,里面充滿了血紅素。海底的熱液循環(huán)也讓綠洲更加壯觀,因為熱水從海床開口噴出,形成白色煙柱和黑色煙柱,顏色取決于遇到深海冷水(4攝氏度)沉淀析出的礦物質。滲入地殼的海水被加熱,和海底巖漿房接觸獲得各種氣體,煙柱上升過程中,因為高溫而奪取了巖石中的許多化合物。煙柱中有大量的硫化氫、氫氣、金屬還原劑(如亞鐵),還有甲烷。

          對于一些細菌來說,這些熱液綠洲非常適合生存,因為這些物質可以被海水中的氧氣氧化,這個過程產生能量,細菌可以利用能量將二氧化碳轉化成有機物,相當于黑暗中的光合作用。實際上,我們已經在第二章見過這類細菌,它們生活在海邊泥灘植物的根系里,靠的是無機化學反應。這些“化能”細菌的能量來自一種無機呼吸,在形成煙柱的周圍巖石上形成了生物薄膜。但是,從能量角度來看,這種代謝的回報很低(例 如,比光合作用的低很多),因為它經過許多步驟,需要大量的無機物,但生成的生物量相對有限。這些生物薄膜之薄就是證明。既然這些細菌產生的生物量有限,周圍的大型動物又靠什么為生呢?

          讓我們來觀察一下熱液綠洲動物繁盛的代表——巨型管蟲。它們高度為1-3米,每平方米的數量為150-200個,像一床床地毯。它們屬于動物生長速度最快的那一類,2-3年就能長到成年的高度……但是,它們的身體讓人困惑,因為沒有消化道!在它的體內有一個大的組織器官,每個組織細胞內住著大量細菌,它們被包在一層膜內,形成內共生,就像蟲黃藻或豆科植物根瘤里的細菌。這個大型器官被稱為營養(yǎng)體(trophosome,來自希臘語trophein,意為“營養(yǎng)”,和希臘語soma,意為“結構”),有大量細菌,占管蟲體重的35%。這個特殊的器官讓人們長久以來不知道巨型管蟲的準確分類,相比形態(tài)上的相似,它的分類是通過基因比對確定的,它們屬于環(huán)節(jié)動物門,類似蚯蚓和血蟲。

          細菌通過化能合成為巨型管蟲提供養(yǎng)分,同樣地,巨型管蟲也為它們提供養(yǎng)分。細菌利用氧氣氧化硫化氫,用其能量和二氧化碳產生糖分—給自己,同時也給巨型管蟲。巨型管蟲不但以細菌產生的化合物(琥珀酸、氨基酸[如谷氨酸])為食,它的細胞還可以消化一些細菌。這有點像我們對牛羊牲畜的利用:擠奶為了奶,屠宰為了肉!它頭上的“紅羽毛”是和海水交換的器官,用這個充滿血紅素的鰓提取細菌需要的氣體(氧氣、硫化氫和二氧化碳),然后把它們運送到營養(yǎng)體。我們(在關于把植物放在花瓶里的時候)說過,硫化氫濃度太高時有毒:在巨型管蟲體內,這種氣體在血液里和血紅蛋白結合,使其不是游離狀態(tài),不然會損害組織。巨型管蟲的血紅蛋白比其他動物的要大,增大的部分是用來固定硫化氫的,因此氣體在運輸中沒有傷害性。血紅蛋白把混合氣體(硫化氫和氧氣)運到細菌處,細菌進行代謝,釋放能量。硫化氫氧化產生的硫被血液帶回鰓羽,釋放到體外。

          和珊瑚一樣,動物呼吸產生的二氧化碳被循環(huán)利用;此外海水中的二氧化碳也被提取,為的是給細菌產生糖分提供最佳條件。海水本身并不具備條件讓所有必需物質集中濃縮,共生讓化能合成細菌比在生物薄膜中更加高效。巨型管蟲的鰓羽采集海水中的硝酸鹽,細菌用其來生成氨基酸,供給雙方。這里,我們再次看到和前一章植食性動物類似的互相營養(yǎng)模式,但是這里動物的形態(tài)和營養(yǎng)的改變更多;和一些植物—動物一樣,它只提取水溶性分子。至于對貧瘠環(huán)境的適應,它的機制和珊瑚蟲與菌根的組織方式類似:一方(動物或者真菌)集中環(huán)境中分散的資源獻給另一方(細菌、蟲黃藻或者植物);另一方生成糖分,為共生體供給能量。在海底生命綠洲里,資源集中促進了細菌的生長,這遠遠超過那些直接從水里獲取資源的游離細菌。我們再次看到了牛和珊瑚蟲具備的兩種機制:廢物利用(在這里,特別是動物呼吸產生的二氧化碳)和共生對動物覓食能耗的限制(像珊瑚蟲一樣,定點生長)。

          總的來說……

          在不友好的海洋環(huán)境里,動物有看不見的陪伴。共生可以為它們大幅拓展可生活的空間,如貧瘠環(huán)境里的珊瑚蟲和海底無用流體環(huán)境。在這兩種情形下,同一種共生(和單細胞藻類或者化能合成細菌)在不同動物種類中形成,這些共生大概都是從進食開始的,因為它們的祖先很有可能以微生物為食直到有一天將它們“馴化”。換句話說,這些祖先獲得了以俘虜的方式訓練和培養(yǎng)它們的技能,不再需要以它們?yōu)槭?,而是通過它們產生的物質獲取養(yǎng)分。

          混合型的細胞甚至是混合型的器官出現(xiàn)了,比如營養(yǎng)體。這種混合型結構重新定義了動物:它們經常沒了消化道,轉為固定生活,由于不用移動,它們進而沒了首尾的區(qū)分(比如,西伯加蟲和巨型管蟲一樣沒有頭部)。因為有了這些微生物的陪伴,這些動物部分或完全具備了自養(yǎng)能力,即不需要(或者不太需要)從環(huán)境中提取有機物。它們因和微生物的結合獲得新的特征,這是共生進化創(chuàng)新的一例。

          它們對生態(tài)環(huán)境的影響和有菌根的植物征服陸地的描述一致。我們從以生物薄膜為主、零星小型動物為輔的生態(tài)系統(tǒng),過渡到生物量富足、大型動物多樣的生態(tài)系統(tǒng),所有這些共生都幫助生態(tài)系統(tǒng)擺脫了純微生物模式。我們觀察到的影響有:讓有生產有機物能力的一方和有匯集環(huán)境資源能力的另一方進行合作;共生效率高,因為動物不再需要捕食,還可以回收內共生體產生的廢物;最后,雙方之間有互相保護的作用。

          讓我們告別這和我們生活如此不同的異地,觀察一下它們的適應過程是否處處適用。共生的適應性也悄然存在于我們周圍陸地的許多動物身上。除了第四章已經講過的植食性動物,我們現(xiàn)在來觀察微生物是如何幫助昆蟲實現(xiàn)如此驚人的多樣化。

          壓力和饑餓萬歲!

          最后一個促進共生的因素來自環(huán)境。誠然,艱苦緊張的條件為共生帶來了便利,有時甚至成為一種需要。在有利的情形下,共生反倒沒有那么必要。

          在引言,我們提到了生活在潮間帶的小地衣—海洋地衣,它可以讓藍細菌在冬天或者干旱時存活下來。真菌沒有共生體無法存活,它沒得選……至于藻類,它也只有和真菌一起時才能忍受艱苦條件;如果獨自生活,它會以孢子形式過冬,直到夏天才生長,并且環(huán)境不能太干旱。事實上,面對環(huán)境中對雙方有用的資源,共生體之間通常是競爭關系,如空間、磷或本例子中的氮。但是,如果其他物理化學因素——在這種情況中是退潮期的干旱或者冬天的低溫——限制雙方的生長,那么可用資源對于各自微小生物量可以說是非常足的。大家都有份:競爭沒有那么明顯,是對抗緊張形勢的互相保護??茖W史學家經思考認為,這解釋了為什么19世紀末的許多俄國科學家一開始就對生物界的合作很敏感,如梅列日科夫斯基和克魯泡特金(如果只提兩位的話)。他們生活之地的生態(tài)系統(tǒng)通常是惡劣的,因為寒冷,限制了許多機制,如競爭、生物體的生長,通常人類也只有群居才能生存,通過合作保護和養(yǎng)活大家。這些條件緩和了競爭對于共生的優(yōu)勢,這可能對一些俄國科學家的世界觀有影響。

          資源太多有反作用:饑餓能促進共生,而富足則導致共生解體。上文中,我們說過植物在富足環(huán)境中如何擺脫根系的共生體,特別是在人流多的地方,如萬森森林,植物被放到肥沃程度持續(xù)上升的土壤里。根系共生體喜歡貧瘠的土壤,和沒有共生體的植物比,微生物能改善植物的生長。然而,一旦土壤的肥沃程度超過一定數值,它們就沒有作用了!植物會降低互動,特別是降低獨腳金內酯的產生,因為它們吸引土壤里的菌根球囊菌;但是,殘留的微生物消耗大又不供養(yǎng),可能減緩植物生長!習慣了有利的環(huán)境后,許多植物失去了它們的共生體。

          我們提過致病因子,如卵菌或錐蟲,它們的祖先靠色素體供養(yǎng),成為寄生生物后它們喪失了色素體。一些植物為了適應沃土喪失了菌根,如卷心菜所屬的十字花科,一些黑麥的品種,蓼科,還有甜菜,莧科(以前屬于藜科)。在熱帶雨林里,土壤里的微生物利用有機物產生硝酸鹽的速度很快,許多豆科喬木因此喪失了形成根瘤的能力,而根瘤本應是豆科的特征。

          現(xiàn)代農業(yè)中,一個相似的現(xiàn)象也在我們眼前發(fā)生,那就是農民通過施肥促進植物生長。耕地把水滲透埋藏的無機鹽翻上來,糞肥和工業(yè)肥料讓土地變得肥沃。因此,植物可以不需要菌根或者根瘤就能存活……一個世紀以來適應了這種土壤的品種被選擇保留了下來,我們不再能掌控它們利用微生物共生的能力。比較過往經過相對肥沃的土壤選擇的品種和20世紀極其肥沃的土壤選擇的品種,會發(fā)現(xiàn)后者選擇共生的壓力沒有了。許多近代選擇下來的谷類,對菌根球囊菌的存在不再做出積極反應,哪怕是在沒有那么肥沃的土壤里——在一些品種里,負責在菌根形成時和真菌交流的基因之一甚至出現(xiàn)了突變!對它們而言,在過去的六十多年里,大豆最近期的品種失去了有效制裁與菌根“騙子”的交流……就這樣,富足的環(huán)境選擇了現(xiàn)代農作物,導致現(xiàn)代農作物喪失了先前生物市場和選擇共生對象的本領。

          西方現(xiàn)代農業(yè)技術由于施肥,使植物放棄了對這些本領的選擇,它也把植物和真菌的共同進化丟在一旁。正面看,這些技術養(yǎng)活了整個西方,但是菌根退化,其保護作用也隨之消失,增加了植物對殺蟲劑的依賴。此外,一些植物衛(wèi)生產品也不是對菌根真菌完全無效的(哪怕是如草甘膦一類的除草劑,對某些球囊菌也是有毒的?。?,它們還幫助減少與菌根的互動。因此,植物對人類帶來的工業(yè)肥料更加依賴……工業(yè)肥料又進一步降低了與菌根的互動……這就是一個對殺蟲劑和我們人類干預的依賴循環(huán)。

          現(xiàn)代農業(yè)方法帶來的環(huán)境問題,我們現(xiàn)在可以設法控制。對在不那么肥沃的土地上生長的植物,我們優(yōu)先菌根和根瘤的供養(yǎng),這樣能減少氮和磷排到含水層、河流和沿海,那么工業(yè)肥料帶來的污染問題就得到了控制。唉!目前來說接種球囊菌(甚至是根瘤菌)的意義有限,因為現(xiàn)代種類對共生的需求與反應不如從前,正如前文所見。施了這么多年的工業(yè)肥料,日積月累,土壤已經不適合共生了……如果環(huán)境中肥料的添加和植物選擇是有節(jié)制的,接種菌根真菌也許還是有用的,如第一章講的森林,但這不總是適用于農業(yè)。毋庸置疑,我們可以期待在某一天開發(fā)貧瘠的土地時,我們限制工業(yè)輸入的使用及其副作用,重建共生體系,和4億年的自然植物史重新連接。但是這還需要幾年的研究,可能要從古老品種或者野生品種中重新選擇,培育出幾個新品種!

          這些事實揭示了環(huán)境的豐沃如何跳過了共生,意味著環(huán)境的緊張和貧瘠相反是有利于共生的。

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