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          美國瑞典投入上億元的項(xiàng)目,這個團(tuán)隊(duì)只花了220萬元

          2023-11-29 16:28:29來源:
          導(dǎo)讀鈕世輝團(tuán)隊(duì)(本文圖片均由受訪者供圖)作者|劉言課題進(jìn)展過半,鈕世輝幾乎到了山窮水盡的地步——購買實(shí)驗(yàn)試劑的錢都快擠不出來了。租用的...

          鈕世輝團(tuán)隊(duì)(本文圖片均由受訪者供圖)

          鈕世輝團(tuán)隊(duì)(本文圖片均由受訪者供圖)

          作者|劉言

          課題進(jìn)展過半,鈕世輝幾乎到了山窮水盡的地步——購買實(shí)驗(yàn)試劑的錢都快擠不出來了。租用的超級計算機(jī)公司來催尾款,他只能打哈哈:“我們這么大的項(xiàng)目,怎么可能欠你錢呢?”

          那是在2021年11月,鈕世輝時任北京林業(yè)大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院副教授,主要從事針葉樹遺傳育種方面的研究。這名85后學(xué)者和團(tuán)隊(duì)當(dāng)時正在進(jìn)行一個很多人眼中有些“瘋狂”的計劃——給我國重要的鄉(xiāng)土針葉樹種“中國松”繪制完整的基因圖譜。

          為了攻克這一難題,項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)囊括了美國、瑞典在內(nèi)6個國家11家單位的36名研究人員。

          從科學(xué)層面而言,這并不是項(xiàng)容易的工作,已知的100種松樹基因組大小的平均數(shù)與中位數(shù)均超過了25Gb(十億堿基)。中國松基因組是人類基因組大小的9倍,是楊樹和桉樹的60倍。如果將中國松的基因組比作一本“天書”,鈕世輝團(tuán)隊(duì)要做的是讀取其中的每一個段落,再根據(jù)上下文重疊,要從2.6萬億個字母中挑出254億個,推斷正確的連接方式,拼成完整的一本書。然而這本書其中許多段落看起來幾乎完全一樣,文中還沒有任何空格與標(biāo)點(diǎn)符號。

          這個項(xiàng)目的啟動也是迫不得已。針葉樹占據(jù)全球森林面積的39%,世界木材產(chǎn)量的45%來自針葉樹。在我國,木材近年來對外依存度超過50%,而進(jìn)口木材中超過70%屬于針葉材。

          “往北極走,你見到最后的高大喬木是針葉樹。爬雪山,在雪線以下最后的高大喬木也是針葉樹。”這些環(huán)境惡劣的地方,往往只有針葉樹能去填補(bǔ)生態(tài)位,從而改善那里的土壤、水分、小氣候,其他的被子植物才能隨之扎根,因此它被譽(yù)為“先鋒樹種”。

          然而,如此重要的樹種,重要科研成果產(chǎn)出卻出人意料得少,比如,僅以楊樹為材料的國際期刊高水平論文產(chǎn)出就達(dá)到了針葉樹的近20倍。對于大部分物種來說,基因組測序已經(jīng)不再存在技術(shù)障礙,有數(shù)百種植物公布了全基因組圖譜,“但一旦涉及針葉樹,游戲規(guī)則就不一樣了”。

          相關(guān)研究受制于遺傳信息資源匱乏,被難以完成的全基因組測序“卡了脖子”。在此之前,已有來自瑞典、美國、加拿大、俄羅斯等國家的13個團(tuán)隊(duì),自2013年起不斷嘗試進(jìn)行挪威云杉、白云杉、火炬松等國際重要針葉樹種基因組的組裝和注釋,有的項(xiàng)目花費(fèi)了數(shù)百萬美元,但經(jīng)過驗(yàn)證,其基因測序結(jié)果的連續(xù)性均不太理想。

          這次,鈕世輝試圖成為領(lǐng)域內(nèi)的“先鋒”。

          一個領(lǐng)域的寒冬

          和鈕世輝預(yù)想的一樣,2019年,當(dāng)他四處遞交中國松基因組的項(xiàng)目申請時,毫無懸念地被各種科研管理部門“斃掉”了。

          “我理解,一個比楊樹難60倍的項(xiàng)目,全球十幾個團(tuán)隊(duì)花了上億元仍未解決,我說現(xiàn)在時機(jī)已經(jīng)成熟,憑什么相信我一個小年輕啊?”鈕世輝回想。

          2010年進(jìn)入北京林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種專業(yè)讀博時,他的研究方向還是“熱乎的”楊樹轉(zhuǎn)基因育種,臨近畢業(yè),有教授鼓勵他轉(zhuǎn)去研究針葉樹。

          “當(dāng)時聽了覺得針葉樹真的太重要了,需要有人做?!扁o世輝喜歡搞研究。

          可這一選擇險些斷送了鈕世輝的科研生涯。2018年6月,鈕世輝留校任教的第一個聘期到期,面臨考核,但他已有將近5年沒有新的重要成果產(chǎn)出,發(fā)表的寥寥3篇SCI論文都是依靠他在博士期間的研究積累。

          對于他的考核評價,考核組專門開會討論。有領(lǐng)導(dǎo)說:“小鈕不能不合格,他不合格就成笑話了,大家有目共睹,他對科研充滿熱情,而且這么努力,(是)整天不放假的人。”

          他的努力是公認(rèn)的。在華南農(nóng)業(yè)大學(xué)讀碩士時,他的研究對象是我國南方的一種油料作物麻風(fēng)樹。他幾乎跑遍了南方的幾個省份,曬得黢黑,在海南的繁育基地進(jìn)行種源試驗(yàn),從中篩選出最好的種源,大幅度提升了麻風(fēng)樹的產(chǎn)量。

          到了博士階段,轉(zhuǎn)換到林木遺傳育種方向需要從頭學(xué)習(xí)分子生物學(xué),他抱起相關(guān)書籍,每天早上8點(diǎn)半到實(shí)驗(yàn)室,晚上11點(diǎn)才離開,周六周日也是如此。用他的話說,讀博的4年里,“去旁邊五道口不超過10次”。

          這種工作狀態(tài)幾乎保持到現(xiàn)在。同事眼中,他是“天生的科研工作者”。在他帶的第一個研究生馬晶晶印象里,鈕世輝幾乎全年都在辦公室和實(shí)驗(yàn)室做科研,過年也很少回家。假期里,學(xué)生們養(yǎng)的樹苗等實(shí)驗(yàn)材料,都靠他澆水照顧。

          “大自然有個秘密,只等有人去發(fā)現(xiàn)它。而我最先發(fā)現(xiàn)了它,如果我不告訴你,全世界再也沒有人知道這個秘密,這是很強(qiáng)的滿足感?!扁o世輝這樣描述科研工作吸引他的地方。

          參加工作的頭幾年,他眼睜睜看著大學(xué)里從事針葉樹研究的同行越來越少,而其他樹種研究工作做得如火如荼。

          鈕世輝堅信,“大雪壓青松,青松挺且直”,堅持是有價值的,“得有人在這。如果沒有針葉樹,這里一直,大風(fēng)一刮把土都刮走了,環(huán)境是不會被改造好的?!鄙鷳B(tài)系統(tǒng)中需要先鋒樹種,冷門領(lǐng)域也需要先鋒研究者。

          內(nèi)蒙古喀喇沁旗,在巖石上生長的中國松

          內(nèi)蒙古喀喇沁旗,在巖石上生長的中國松

          一個不被看好的項(xiàng)目

          很長一段時間內(nèi),幾乎沒人看好這個項(xiàng)目,包括最重要的合作者之一,瑞典農(nóng)業(yè)大學(xué)森林遺傳學(xué)首席教授吳夏明。

          作為針葉樹種研究領(lǐng)域的國際知名專家,吳夏明曾長期對挪威云杉、歐洲赤松等樹種開展遺傳育種研究,發(fā)表了近百篇論文,被引用次數(shù)高達(dá)1000多次。

          2017年年底,吳夏明受聘北京林業(yè)大學(xué)高精尖創(chuàng)新中心研究組PI(主要研究者),希望能為國內(nèi)針葉樹遺傳改良盡些力。最初中國松基因組測序的想法并不被他看好。

          相比中國松,他更希望完成杉木的測序與群體重測序,那是中國最重要的本土針葉樹樹種之一,也是中國最大的人工林樹種。更重要的是,它的基因組大小不到中國松的一半,意味著成功的幾率更大。

          針葉林的研究天生就帶“刺”。針葉樹是“反模式物種”,不僅個體大小是模式植物擬南芥的十倍至近百倍,生命周期也是它的幾百倍。

          擬南芥、楊樹、水稻、玉米等被子植物,已經(jīng)具備成熟的研究體系,而且相互之間可以相互借鑒。但針葉樹與被子植物在兩億年前就已經(jīng)分化,差異太大了,針葉樹既沒有自己的研究體系,也很難借鑒被子植物的研究進(jìn)展。

          “聰明人不干這事兒?!扁o世輝曾經(jīng)測算過,如果對8個中國松的樣品進(jìn)行測序,用同樣的研究經(jīng)費(fèi),楊樹樣品能測440個,擬南芥樣品能測1638個。很多研究因?yàn)榻?jīng)費(fèi)限制根本沒有辦法開展,造成研究基礎(chǔ)極其薄弱。

          馬晶晶在校時,實(shí)驗(yàn)試劑、測序費(fèi)用,還有一次性的培養(yǎng)皿、移液槍頭等耗材,實(shí)驗(yàn)室1個月就是好幾萬元的開銷。

          不少成熟的分子生物學(xué)研究工具,因?yàn)闆]有人在針葉樹種上成功使用過,需要研究者重新摸索實(shí)驗(yàn)的每一個細(xì)節(jié)。

          從2016年入學(xué)起,馬晶晶僅從第一步提取針葉上的RNA遺傳信息,就體會到比其他樹種復(fù)雜。中國松針葉上布滿了油脂,會產(chǎn)生很多次生代謝物,影響RNA的提取。為此,她嘗試了很久,還去別的團(tuán)隊(duì)學(xué)習(xí),“一些細(xì)節(jié)沒有注意到就可能一無所獲”。

          鈕世輝舉例,降解植物細(xì)胞壁一般會用到4種酶,而每一種酶又有四五種型號,這在被子植物中已經(jīng)有非常完善的體系,但在針葉樹中,選用哪一種有效,用多少量……都需要反復(fù)嘗試。

          結(jié)果他發(fā)現(xiàn),最有效的酶使用在中國松上,需要達(dá)到被子植物用量的20倍才能產(chǎn)生效果。使用植物激素處理時,在失敗了很多次以后,他才發(fā)現(xiàn)中國松用量至少要達(dá)到被子植物的100倍才有效果。

          “在捅破窗戶紙之前,你很難預(yù)料差異到底有多大。”鈕世輝說。

          鈕世輝在實(shí)驗(yàn)室,對油松幼苗進(jìn)行根的遺傳轉(zhuǎn)化

          鈕世輝在實(shí)驗(yàn)室,對油松幼苗進(jìn)行根的遺傳轉(zhuǎn)化

          這個過程在鈕世輝看來“費(fèi)力不討好”——技術(shù)似乎很成熟,卻又沒法直接運(yùn)用,耗費(fèi)很大精力把它改造成功了,在他人看來又沒有什么創(chuàng)新性。

          剛開始研究針葉樹時,鈕世輝曾到過人跡罕至的原始松林,高聳的松樹密密麻麻,濃密的綠色包裹著整座山,僅有幾縷陽光透下來,顯得格外壯美。每到一個育種基地調(diào)研,他都會采回幾個不同針葉樹的球果,辦公室和家里書柜上擺滿了各種大小的松果。

          但慢慢地,隨著“干啥啥不成”,他和針葉樹“相看兩厭”,把球果都收了起來,吐槽“這玩意兒,難怪沒人研究”。

          一次孤注一擲地“畫餅”

          時間幾乎是所有針葉樹研究者的敵人。針葉樹從小苗到開花結(jié)實(shí)通常要數(shù)年甚至二十幾年,“生兒育女”的育種周期極其漫長。

          如何縮短育種周期是每一個針葉樹研究者的終極夢想。從轉(zhuǎn)行研究針葉樹以來,鈕世輝時不時就會想到,自己退休以后,一個年輕人突然跑過來告訴他:“老師,感謝您花了一輩子將育種周期推進(jìn)了一代,我們現(xiàn)在每兩年就能干一輪了?!眽衾锏乃把獕猴j升250,一口老血噴10丈”。

          吳夏明的加入讓項(xiàng)目有了眉目,打動他的是鈕世輝大量尚未公開發(fā)表的研究進(jìn)展。那時,團(tuán)隊(duì)鑒定到一個與中國松年齡信號顯著相關(guān)的基因模塊,其中一個基因被稱之為“針葉樹年齡分子時鐘”,年齡越大的松樹中它的表達(dá)量就越高,可以很精確地判斷松樹的年齡。

          這有望破解針葉樹年齡的奧秘;然而,深入研究繞不開它的基因圖譜。

          我國現(xiàn)存的16個國家級油松良種基地,很多是鈕世輝導(dǎo)師的導(dǎo)師、北京林業(yè)大學(xué)教授、林木遺傳育種學(xué)家沈熙環(huán)在20世紀(jì)80年代主持建設(shè)的。這些良種基地匯集了當(dāng)時全國范圍內(nèi)篩選收集的良種優(yōu)樹,“隨著經(jīng)濟(jì)發(fā)展,很多地方的天然林都沒有了,搶救下來了一批,以后再想干這個事就再也干不了。”

          2019年以前,80多歲的沈熙環(huán)先生還跑遍了每一個基地,關(guān)注育種的最新進(jìn)展。然而,近年來隨著身體的變化,年逾九十的他不得不減少了外出的活動。

          相比之下,在海南的南繁中心,研究人員的水稻1年可以繁殖3代。這讓鈕世輝感慨,這一年的工作換成針葉樹便幾乎超過了自己的整個職業(yè)生涯。必須改變現(xiàn)狀,“如果世上需要這么一個攪局的年輕人出現(xiàn),我希望那是我?!?/p>

          隨著第三代基因測序技術(shù)取得突破,鈕世輝也意識到,技術(shù)發(fā)展已經(jīng)積累到了轉(zhuǎn)折點(diǎn),自己有機(jī)會成為那個“攪局者”?!跋喈?dāng)于原來的技術(shù)每次只能讀幾百個字母,現(xiàn)在可以一次讀1萬個字母?!彼虮确?。

          但這位副教授彼時能調(diào)動的資源極其有限,經(jīng)四處籌措,最初項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)只有80余萬元。而美國同期競爭項(xiàng)目,投入經(jīng)費(fèi)達(dá)500萬美元,約合3000多萬元人民幣,瑞典的相關(guān)項(xiàng)目更是獲得了高達(dá)1億元的經(jīng)費(fèi)資助。

          鈕世輝決定先把項(xiàng)目啟動再說,也沒考慮能發(fā)表什么水平的論文。

          他花了半年時間,考察和游說了七八家測序公司,給他們“畫餅”:2005年,《科學(xué)》(Science)在創(chuàng)刊125年時,提出了125個最重要的前沿科學(xué)問題,其中第66個問題是:“為什么一些基因組很大,另一些則相當(dāng)緊湊?”

          無論從科學(xué)的重要性還是影響力來說,這都是一個重要的問題,而中國松的基因組項(xiàng)目就有望解決它。

          “這個項(xiàng)目是有風(fēng)險、有挑戰(zhàn)的,但風(fēng)險主要在我,只要你支持我把這個項(xiàng)目做成功,它就是個標(biāo)桿,那是最好的廣告?!扁o世輝的話很有煽動性,“之后你們出去接任何項(xiàng)目,都可以告訴別人,中國松是我們做的,別的小項(xiàng)目算什么啊?”最終,一家測序公司答應(yīng)以格為其測序。

          另一個需要解決的問題則是算力。“用辦公室的臺式機(jī)去計算,需要至少連續(xù)計算50年不關(guān)機(jī)。”他又瞄上了阿里云,又一通“畫餅”,也打動了阿里云的工程師。

          “他是非常容易能夠讓別人看到光的人?!瘪R晶晶全程圍觀了鈕世輝的“畫餅”,在她看來,鈕世輝就像一株松,扎根這一領(lǐng)域,用事實(shí)和對未來的展望來感染別人。

          “松柏男神”,是身高183厘米的鈕世輝在學(xué)生中的“雅號”,不過他更希望別人關(guān)注他的研究。

          在中國松古樹踏查中,鈕世輝與一株300多年的古樹合影

          在中國松古樹踏查中,鈕世輝與一株300多年的古樹合影

          “實(shí)際上每個人都是理想主義者,只不過有時候被各種挫折慢慢磨平了,這種理想主義在某一刻可以被重新喚醒?!痹阝o世輝看來,這更是一次孤注一擲的冒險。項(xiàng)目并未獲得專項(xiàng)資金支持,一旦失敗,或者遲遲無法突破,這些成本很有可能壓垮他。

          一個巨大的基因組

          和鈕世輝一樣站上懸崖的還有李江。

          這位博士后2018年進(jìn)入北京林業(yè)大學(xué)分子設(shè)計育種高精尖創(chuàng)新中心的博士后流動站。2020年年初,正在從事白樺轉(zhuǎn)基因研究的他遭遇“飛來橫禍”。由于突如其來的新冠疫情,李江無法返校,而他傾注了所有心血培育的白樺樣本因此全部死掉。

          此時的他即將面臨博士后的中期考核,“沒什么東西可以出一些好的成果了,差一點(diǎn)卷鋪蓋走人?!扁o世輝便邀請他加入。

          “超算的租用是按小時算錢的,每跑一天就要多花幾千元錢,而且如此巨大的計算量,以前誰也沒干過,誰也不知道它什么時候能算出來。一旦結(jié)果不好或中途崩潰,就前功盡棄了?!本薮蟮膲毫涸阝o世輝身上,“整個人瘦了一圈”,李江回憶。

          終于,在超級計算機(jī)運(yùn)算了6個月時,阿里云的工程師在群里通報,“計算結(jié)果出來了!”

          出乎意料的是,當(dāng)時的群里顯得有些安靜。鈕世輝顧不上在群里慶祝,他打開傳來數(shù)據(jù)的鏈接,“感覺一下子穩(wěn)了!”推算中,組裝的連續(xù)性指標(biāo)N50最理想情況應(yīng)該可以達(dá)到500Kb,而計算出的結(jié)果達(dá)到了2.6Mb,是理想結(jié)果的5倍,“大家很興奮,覺得這個項(xiàng)目沒白干?!?/p>

          這個總長度達(dá)25.4Gb的中國松基因組,完整呈現(xiàn)了它的12條染色體,這是世界上第一個染色體級別的松樹基因組。

          “基因組組裝是最重要的一步,但事實(shí)上,如果想讓它成為真正的實(shí)用級別的數(shù)據(jù)資源,組裝只是最簡單的第一步。”真正的挑戰(zhàn)是詳細(xì)地對其中每一個基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行準(zhǔn)確注釋,相當(dāng)于把這本寫滿254億字母的天書打上空格與標(biāo)點(diǎn)符號,分成有意義的單詞和段落,同樣是個艱巨的大工程。然而現(xiàn)實(shí)又給了鈕世輝當(dāng)頭一棒。

          “天書”中包含了大量“無用的廢話”稱為“內(nèi)含子”,也有存在關(guān)鍵遺傳信息的語句“外顯子”,識別出外顯子并不容易。

          “針葉樹當(dāng)中的基因離譜到什么程度?如果沒有其他生物學(xué)證據(jù)你很難相信它是一個基因。”鈕世輝舉例,“針葉樹中的一個重要基因長736Kb,它的外顯子總長度只有不足1Kb,相當(dāng)于從中挑出千分之一有意義的部分。這實(shí)在很難讓人相信,因?yàn)槠渌参镏羞@一比例是二分之一?!?/p>

          這也讓已有的基因結(jié)構(gòu)注釋程序失去了用武之地。他手動檢查的一個長540Kb的基因,就被程序識別成41個完整的基因,“雖然根據(jù)經(jīng)驗(yàn)它們看上去很像,但實(shí)際都是假的?!?/p>

          “團(tuán)隊(duì)在過去10年積累的大量中國松基因表達(dá)數(shù)據(jù)成了關(guān)鍵突破口,世界上其他項(xiàng)目組不太可能在短時間內(nèi)收集到如此廣泛的樣品。”最終,基于來自760個樣本的RNA證據(jù),鈕世輝提出了一種完全基于RNA數(shù)據(jù)的基因注釋策略,經(jīng)過不同技術(shù)路線20輪的反復(fù)測試,最終將完整基因注釋率從38%提升至92%?!斑@是一件具有里程碑意義的突破,我可以驕傲地說,它是真正可以用的”。

          基因注釋結(jié)果顯示,針葉樹基因組里存在著大量可自我的重復(fù)序列,稱為轉(zhuǎn)座元件,這是一種來自于古病毒的寄生性的序列片段,占據(jù)了針葉樹基因組含量的70%-80%。

          用鈕世輝的話說,“中國松是在垃圾堆里還能優(yōu)雅地活著。它12對染色體里,相當(dāng)于有9對完全是‘垃圾’,沒有這些重復(fù)序列,松樹的生長不會有任何影響?!?/p>

          一段沒有回程票的旅程

          “有一些分析我們自己搞不定。”吳夏明等人協(xié)調(diào)了來自瑞典等國家的該領(lǐng)域頂尖科學(xué)家加入項(xiàng)目組,一共召開了54場線上技術(shù)討論會,往來了678封工作郵件。

          不同文化背景的研究者一起工作是一種別樣的經(jīng)歷。“他們工作極其細(xì)致,就是節(jié)奏和國內(nèi)相比有些慢?!扁o世輝“吐槽”,“老外工作和生活分得很開,一到周末就找不著人了,還要度假,那是真的度假,完全聯(lián)系不上?!?/p>

          這讓鈕世輝有些不適應(yīng),“坦白講,我們的工作節(jié)奏很亂,有時候半夜有了一些突破,我們就馬上開個會,哪怕開十幾分鐘?!?/p>

          心里的急迫事出有因?!案舅恢?,最恐怖的是,你不知道經(jīng)費(fèi)還能支持你走多遠(yuǎn),只知道提前準(zhǔn)備的打光了?!苯?jīng)費(fèi)捉襟見肘,他只能繼續(xù)“畫餅”,拉同領(lǐng)域的其他研究者“攜資加入”。

          “我們這個項(xiàng)目,已經(jīng)做得這么好了,成果肯定是國際頂尖的,你也可以加入進(jìn)來承擔(dān)一部分研究,前提是帶一點(diǎn)經(jīng)費(fèi)一起合作。實(shí)在不行給你打個折也行?!边@名科學(xué)家此時又像是一個推銷員。

          某種意義上說,這是一段只有單程票的旅程,一如鈕世輝最終得到的一個重要研究結(jié)論。他們發(fā)現(xiàn),在物種形成初期中國松的基因組并沒有那么龐大,但600萬年前,可能發(fā)生了一次古老的地質(zhì)事件,這些原本沉默的可自我的轉(zhuǎn)座元件被意外激活。

          它們大量,在基因組中隨機(jī)跳躍,這對于整個基因組的穩(wěn)定性來說是一種災(zāi)難,不僅會引發(fā)難以預(yù)料的突變風(fēng)暴,還有可能造成整個基因組的崩潰。

          為此,中國松演化出了強(qiáng)大的DNA監(jiān)管系統(tǒng),密切監(jiān)視和抑制轉(zhuǎn)座元件的活動,再一次“鎖死”了它們,這種“鎖死”很有可能同時抑制了這些重復(fù)序列的清除?!熬拖裼靡粋€碗扣住了馬蜂窩,雖然暫時解除了危險,但再也不敢放手,也保護(hù)了它們?!彼稳?。

          雖然大部分轉(zhuǎn)座元件都再次沉默下來,但總有漏網(wǎng)之魚,總體而言,它們?nèi)匀辉诔掷m(xù)緩慢地擴(kuò)張,“雖然速度很慢,但這就像一道經(jīng)典的小學(xué)數(shù)學(xué)題:一個水池,一邊往里放水,一邊向外排水,多久水池能排干?”

          在針葉樹中,轉(zhuǎn)座元件的清除速度低于其擴(kuò)張速度,是造成針葉樹基因組巨大性的根本原因,導(dǎo)致中國松基因組的進(jìn)化方向是一直膨脹下去,沒有回程票。這在一定程度上回答了《科學(xué)》提出的66號問題。

          2022年1月,他們的成果正式以《中國松基因組和甲基化組揭示了針葉樹關(guān)鍵特征演化》為題發(fā)表在國際頂級學(xué)術(shù)期刊《細(xì)胞》(Cell)上,這是該期刊創(chuàng)刊以來發(fā)表的第一篇裸子植物研究論文。至此,整個項(xiàng)目只花費(fèi)了220多萬元,遠(yuǎn)低于國際同類項(xiàng)目。

          《細(xì)胞》雜志發(fā)表論文的插圖,中國松基因組擴(kuò)張的“單程票”和特異的演化風(fēng)景

          《細(xì)胞》雜志發(fā)表論文的插圖,中國松基因組擴(kuò)張的“單程票”和特異的演化風(fēng)景

          令鈕世輝意外的是,論文的審稿意見中,審稿人用“詳盡、透徹”等詞語形容了他們的研究,并評價道:“他們開創(chuàng)性的工作表明,目前已知最大的基因組的從頭組裝現(xiàn)在已經(jīng)變得可行。”

          這一進(jìn)展引起了林學(xué)研究領(lǐng)域的廣泛關(guān)注,入選了中國林學(xué)會評選的“2021年林草科技十件大事”,此后陸續(xù)入選“十三五期間林草科技進(jìn)展”,以及《植物學(xué)報》評選的30項(xiàng)“2021年中國植物科學(xué)重要研究進(jìn)展”等。

          去年,鈕世輝也成功晉升為教授。他熬了過來,在困難和逆境中,松樹給了他精神上的支持。這是寫在松樹的基因中的,前述研究發(fā)現(xiàn),松樹基因帶來的基因冗余性賦予了針葉樹更強(qiáng)的適應(yīng)性,其中包括了抗逆性相關(guān)基因的大量積累,為針葉樹卓越的抗逆性提供了遺傳基礎(chǔ)。

          一張熱起來的“冷板凳”

          像“先鋒”的針葉樹改善局地生態(tài)一樣,坐了8年,鈕世輝把“冷板凳”焐熱了。

          他們組裝的中國松超大基因組數(shù)據(jù),已經(jīng)完整地提交在中美兩國的國家基因庫里,目前還在不斷更新,即將發(fā)布更準(zhǔn)確的2.0版本。

          中國松染色體

          中國松染色體

          數(shù)據(jù)發(fā)布1年半以來,國內(nèi)外很多針葉樹研究者都開始利用這個平臺和數(shù)據(jù)開展研究,“并不限于中國松,是所有的針葉樹研究。大家對一個高質(zhì)量的遺傳信息參考早就望眼欲穿了”。

          這一成果顯著降低了這一領(lǐng)域的研究門檻,讓更多的人敢于參與進(jìn)來?;诖耍铀儆N周期,讓樹木早點(diǎn)開花結(jié)實(shí);抑制行道樹的開花結(jié)實(shí),減少對其花粉過敏的問題……這些以往應(yīng)用在其他樹種上的技術(shù),未來也有望在針葉樹上實(shí)現(xiàn)。

          鈕世輝的突破直接推動了國內(nèi)針葉樹研究進(jìn)入“后基因組時代”。他希望更多的研究者能進(jìn)入針葉樹的研究領(lǐng)域,讓研究者能相互分擔(dān)試錯的成本,“試錯的努力是別人都看不見的,但會消耗大量的精力,別人只看到你的成功?!逼骄聛?,鈕世輝每嘗試4個方向的探索,才有1個能夠有所進(jìn)展。

          “功成不必在我,功成必定有我。”在鈕世輝看來,科學(xué)研究厲害的地方在于,只要有人取得了突破,就能以文獻(xiàn)的方式記錄下來,每一點(diǎn)進(jìn)步都不白費(fèi),后人的進(jìn)步都是站在前人的基礎(chǔ)上再發(fā)展。

          但對于坐在“冷板凳”上的研究者,他還是希望政策能給予更多的支持?!袄浒宓省敝岳洌褪且?yàn)樗〉膸茁蕰蟆?/p>

          因此,要避免“板凳還沒坐熱就被抽走了”。一研人員被各種“非升即走”和考核束縛住,為了應(yīng)付考核,“做事業(yè)”就只能淪為“做項(xiàng)目”。但是如果要把科學(xué)研究當(dāng)作事業(yè),就要選擇真問題?!斑@就需要‘冷’板凳上有人在堅持,如果長期沒人坐,外面的人就慌了,更不敢來了。后面的人再想坐,就要從頭再來,板凳更冷了,陷入惡性循環(huán)?!?/p>

          鈕世輝承認(rèn),也許10年、20年才能把一個板凳慢慢坐熱,也許10個人里面只有1個能最終成功,“在冷門領(lǐng)域堅持下來的,都是英雄,這是屬于科學(xué)家的英雄主義。”

          一個解決難題的人

          鈕世輝正在尋找自己扎根的下一片土壤。最新的目標(biāo)是松樹松材線蟲病的發(fā)病機(jī)理。這是全球森林生態(tài)系統(tǒng)中最具危險性、毀滅性的森林病害,被稱為“松樹的癌癥”。至今我國已有幾億株松樹因松材線蟲病死亡。

          不過,松材線蟲不能自己傳播擴(kuò)散,必須依賴媒介昆蟲天牛在取食嫩枝樹皮的時候,將體內(nèi)攜帶的松材線蟲傳入健康松樹體內(nèi)。鈕世輝介紹,“這種蟲子3天繁殖1代,剛傳入我國時氣溫低于10℃它就無法繁殖,短短40年,它已經(jīng)在東北-20℃的林區(qū)被發(fā)現(xiàn)了?!蹦壳?,這種病害還在持續(xù)北擴(kuò)西進(jìn)。國家林業(yè)和草原局最新公布的松材線蟲病疫區(qū)達(dá)到了701個縣,而2018年這一數(shù)字是316個。

          “這是國之大事,我怕再不研究這個問題,幾十年后我的研究對象就沒了。”鈕世輝說。

          鈕世輝一心撲在科研上,妻子難得和他見一面。她是一名社科領(lǐng)域的研究者,平日里也很忙。每當(dāng)鈕世輝遇到困難時,她就“畫大餅”——“我相信你肯定行”,而當(dāng)鈕世輝取得了一些成就,她就馬上“潑冷水”,告誡他不要膨脹,“你不是個聰明的人,你只不過比別人更努力,現(xiàn)在終于有了好的機(jī)會,你一定要抓住。”

          更多時候,她給鈕世輝的是默默支持。以往鈕世輝給自己定的鬧鐘是晚上11點(diǎn)提醒自己下班,現(xiàn)在改到了晚上9:45,“不過很多時候還是順手就關(guān)掉了鬧鐘?!敝芪逋砩鲜莾扇思s好的“fish day”,鈕世輝會早早回家,為妻子做上一桌愛吃的魚。

          做科學(xué)研究深深地吸引著鈕世輝。他覺得看電影打游戲還沒有讀文獻(xiàn)有意思,“每解決一個問題,大腦里的獎賞機(jī)制也在獎賞你?!?/p>

          課題組的研究生也都成了實(shí)驗(yàn)室的“釘子戶”。每當(dāng)有人聯(lián)系想要報考他的研究生,鈕世輝都會回一封郵件“勸退”,大意是針葉樹研究非常困難,成果產(chǎn)出很慢,要慎重地去對待這件事,“只要努力,我們肯定能產(chǎn)出好的成果,但跟楊樹比我們就是要慢一些。”

          等學(xué)生進(jìn)了課題組,鈕世輝從不要求學(xué)生打卡,同樣用他最擅長的“畫餅”:“做出它來,你就是佼佼者,站在國際最前沿?!?/p>

          馬晶晶印象里,課題組師弟師妹們就和松樹一樣,充滿了韌勁,“哪怕實(shí)驗(yàn)失敗了很多次,但是大家都不會說不做了,要退學(xué)或者是要換方向。盡管幾乎每個人都找鈕老師哭過?!?/p>

          “什么是科學(xué)家?就是讓難的問題變簡單的人?!扁o世輝說。

          “為什么松樹的葉子一年四季都不落,是什么機(jī)理讓它是常綠的?為什么松樹一定是在春天開花,不在秋天開花?為什么松樹有一些枝條上會開花,但是有的枝條上面就會長針葉?松樹怎么知道它哪個枝條要長花,哪個枝條長針葉?”直到今天,馬晶晶還記得入學(xué)第一天,鈕世輝給她提出的一串問題。

          在鈕世輝的電腦里,存放著一個問題列表,這個列表里現(xiàn)在有97個問題。這是他參加工作至今10年里攢下的,他笑稱,近幾年很可能是自己“智力的頂峰”,有時在路上走著走著,想到什么問題覺得重要就記下來,解決一個就把它標(biāo)紅。有的嘗試過,目前技術(shù)還無法實(shí)現(xiàn),他就讓它靜靜躺在列表里,時不時看一看。目前,列表里已經(jīng)有了10行紅字。

          在鈕世輝的辦公室,擺滿松球的書桌后面,掛著導(dǎo)師陳曉陽書寫的一幅字,“無山不綠,有水皆清,四時花香,萬壑鳥鳴,替河山妝成錦繡,把國土繪成丹青”,這是我國第一任林業(yè)部部長梁希的寄語。

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