劇場版《魔法的禁書目錄 恩底彌翁的奇跡》是《魔法的禁書目錄》系列動畫的第一部電影動畫，臺灣木棉花國際譯名《魔法禁書目錄劇場版-恩底彌翁的奇跡》^{。作為ASCII Media Works創(chuàng)立20周年的紀念作品，于2013年2月23日上映。該劇場版是由原作者鐮池和馬擔當故事原案和構(gòu)成的完全新作，講述在學園都市制作的宇宙升降機“恩底彌翁”完成在即之時，上條當麻和茵蒂克絲與擁有“奇跡”的歌聲的少女鳴護艾麗莎相遇，然而艾麗莎卻會引發(fā)魔法世界和科學世界之間的戰(zhàn)爭，故事也由此展開。}